Это прямое продолжение аниме Uchuu Senkan Yamato 2199.
2202 год, три года спустя после битвы при Гамилласе, в Солнечной системе снова царит мир, а Земля восстановлена благодаря устройству, подаренному Старшей Искандар.
Мирный договор официально закрепил окончание войны между Землей и Гамилласом, которые объединились в межгалактические вооруженные силы с кораблем «Андромеда» в качестве нового флагмана, символа этой военной мощи, созданной вопреки желанию Старши Искандар о мире.
Но когда новая держава, Гатлантис (также известная как Империя Белой Кометы), начинает сеять хаос и хочет завоевать всю Вселенную, Тересса, женщина с удивительными способностями, вновь призывает линкор «Ямато» под командованием Сусуму Кодаи, чтобы нанести ответный удар по новой угрозе.