В центре сериала - брат и сестра Юни и Кармен Кортес, которые учатся в Академии Детей Шпионов, сверхсекретной шпионской школе для детей-агентов. Когда новое контршпионское агентство угрожает безопасности всего мира, младшим шпионам Джуни и Кармен предстоит подготовить и возглавить команду сокурсников Академии Детей Шпионов против сил S.W.A.M.P. (Зловещие Преступники Против Сохранения Человечества) и их дьявольского лидера, Золотого Мозга. Команда Критической Миссии может быть не готова, но только к ним можно обратиться, когда взрослые шпионы не справляются с заданием.