Главная героиня — единорог по имени Твайлайт Спаркл, ученица Принцессы Селестии, которая всё время сидела за книгами и не желала ни с кем общаться. Видя, как героиня зарылась с головой в учёбу, Принцесса даёт ей задание найти друзей и посылает Твайлайт и её ассистента, дракона по имени Спайк, в Понивилль. Там она встречает разных пони, своих новых друзей: задиристую Рейнбоу Деш, элегантную Рарити, трудолюбивую Эплджек, робкую Флатершай, и гиперактивную Пинки Пай. Вместе они исследуют город, решают проблемы жителей и находят новых друзей. Каждый день Твайлайт узнаёт что-то новое о дружбе и сообщает об этом Селестии.

Однажды иммигрант из Японии Хамато Йоши купил себе домашних питомцев - четырех черепашек. Но под воздействием мутагена Йоши превратился в полукрысу-получеловека Сплинтера, а черепашки выросли до огромных размеров и обрели человеческие черты и качества. Под землей, в трубах коллектора, Сплинтер вырастил их как собственных сыновей, обучив дисциплине, философии и боевым искусствам - всему тому, что поможет выжить.