Действия мультсериала происходят в недалеком будущем. Главный герой 15-летний парень Рекс, способный создавать невероятные технические устройства из своего тела. Он был завербован в странную компанию «Providence». Его главной задачей является отслеживание генетически-мутировавших биологических существ (будь то звери или даже люди), в погоне за которыми где только он не побывает. Вместе с ним путешествует загадочный тип в зеленом костюме и в прямом смысле человек-обезьяна. В мультсериале ему предстоит расследование целого ряда биологических мутаций, частью которых есть и он сам.

В 2772 году на планету Акметрополис упал метеор и сдвинул ее с первоначальной оси. Однако планета не разрушилась, а взрывная волна высвободила сверхъестественную космическую энергию, которая наделила некоторых обитателей планеты сверх-способностями....

Волшебный метеор падает в Городе приключений и наделяет членов Щенячьего патруля сверхспособностями, тем самым превращая их в Мегащенков.

Однажды иммигрант из Японии Хамато Йоши купил себе домашних питомцев - четырех черепашек. Но под воздействием мутагена Йоши превратился в полукрысу-получеловека Сплинтера, а черепашки выросли до огромных размеров и обрели человеческие черты и качества. Под землей, в трубах коллектора, Сплинтер вырастил их как собственных сыновей, обучив дисциплине, философии и боевым искусствам - всему тому, что поможет выжить.