Действие разворачивается в недалеком будущем в районе Токио, где все плохо. В центре повествования восьмой отряд третьего подразделения пятого Особого отдела общественной безопасности, бойцов которого прозвали Восьмёрками. Для борьбы они используют специальную силовую броню под названием уиллвэйр.
На Землю нападает загадочная враждебная форма жизни, представителей которой прозвали просто Дикими. Единственное оружие, способное им противостоять, называется Сотня, а те, кто могут использовать Сотню, называются Убийцами. Хаято Кисараги собирается стать Убийцей и для этого поступает в Морскую Академию плавучего города под названием Маленький Сад. Здесь он встречается со своей новой соседкой по комнате Эмиль Кроссфорд, которую откуда-то знает и которая вызывает у него какое-то неуютное чувство, а потом его вызывает на дуэль местная «королева» — лучшая ученица школы Клэр Харви.
В недалёком будущем в Японии потихоньку почему-то начинают сходить с ума строительные роботы. Они сами по себе, не нуждаясь в пилотировании пилотом, стремятся разнести как можно больше жилых объектов ровно до тех пор, пока их не уничтожат военные роботы.
В середине XXI века мир окончательно поразила экологическая катастрофа. Новые хозяева контролируют мировую экономику налогами и лимитами на углекислый газ, а любое нарушение правил немедленно карается. Над Токио царит гигантская башня – новый город Атлас, остальной мегаполис разрушен и превращен в джунгли. Атласом правит кучка аристократов, но даже они верят в одно древнее пророчество. В то же время в Японии действует группа повстанцев «Железный век», призывающая к отказу от загрязнения среды и к переходу на биотехнологии.
Школьник Юга Одо считает систему поединков в игре «Дуэльные монстры» скучной и предсказуемой. Он решает внедрить в игру свою разработку под названием Rush Duels.